益生菌是能够促进肠内菌群生态平衡的活微生物，在畜禽生产中，由于长期滥用抗生素，肠道菌产生了耐药性，使得动物肠道正常菌群失调,动物免疫力下降，引起动物内源性感染；而激素类药物极易在畜产品中残留,耐药性和药物残留给动物和人类的健康带来了严重的危害。同时由于人们食品安全意识的提高，微生态制剂以其高效的保健功能、无毒副作用、无残留、不污染环境等优点成为替代抗生素较为理想的产品。可作为畜禽饲料添加剂。
益生菌进入畜禽肠道后，与有益菌群会合后，会产生共栖、竞争或抑制等复杂关系。其在体内的作用方式：优势种群维系着肠道菌群平衡；通过竞争抑制，形成生物屏障；孢子益生菌消耗氧气，形成厌氧环境。益生菌在动物体内发挥的作用：
（1）促进消化吸收，提高词料转化率,促进生长。
（2）补充有益菌群，维持动物肠道菌群结构平衡。
（3）参与菌群生存竞争，抑制有害物质产生。
（4）刺激机体免疫系统，提高机体免疫功能。
（5）减少有害气体排放，改善环境卫生。
益生菌在实际养殖中的应用效果怎么样？
饲喂益生菌可改善猪的健康及生产性能，提高飼料利用率，降低疾病，提高仔猪成活率。资料报道：通过芽孢杆菌制剂对仔猪进行试验，添加0.15%效果最佳，日增重较对照组提高19. 2-22. 8%，饲料利用率提高6. 3-23. 5%。
在家禽日粮中添加益生菌后，不仅可以提高家禽的生产能力还能增强家禽预防疾病的能力。鸡食用后精神抖擞，毛色光亮，鸡蛋色泽光亮，且胆固醇降低。各种等试验表明，益生菌能够调节免疫器官的生长发育。添加益生菌组的平均体重、日增重、饲料转化率均高于对照组(P<0. 05)，其中以0.4%水平益生菌组为最佳。据资料数字记录，可使肉鸡增重5%-15%，发病率下降5%-10%，死亡率降低8%-15%。